En 1994, Jeb Bush se présente au poste de gouverneur mais il est battu par le gouverneur démocrate sortant Lawton Chiles alors que son frère George W., contre toute attente, est élu au Texas.

En 1995, il dérape après l'attentat d'Oklahoma City en déclarant qu'il s'agit d'une vengeance de Dieu contre le libéralisme de la société envers les femmes et les gays.

En 1998, Bush se représente au poste de gouverneur de Floride est est cette fois élu 55 % à 45 % contre le démocrate Buddy MacKay alors que son frère était rééelu au Texas avec 69 % des suffrages.

Pour la première fois depuis Nelson et Winthrop Rockefeller à New York et en Arkansas de 1967 à 1971, deux frères gouvernent deux états américains.

Son administration se focalise au départ principalement sur la réforme de l'éducation mais aussi sur la défense de l'environnement notamment en faisant voter une loi accentuant la protection des Everglades. Il s'oppose également aux projets de son propre frère sur la recherche pétrolière sur les côtes floridiennes.

Jeb Bush est perçu comme un républicain modéré, pro-business, qui a permis de maintenir un niveau d'imposition et de taxes relativement bas.

Les élections de 2000 et l'imbroglio électoral qui s'ensuivit lui conférèrent une réputation nationale négative et il devint l'homme à abattre pour les démocrates aux élections suivantes pour le poste de gouverneur en 2002.

Cependant, profitant d'une politique interne populaire en Floride, il est très facilement réélu en 2002 avec 56 % des suffrages contre le démocrate Bill McBride, en dépit des soutiens assidus de Bill Clinton et Al Gore.

D'autres controverses entachent sa réputation notamment quand sa fille, Noelle Bush, est envoyée dans un centre de désintoxication pour drogués alors qu'il milite pour une politique très répressive contre les consommateurs de drogues.

De 1998 à 2005, il apporte son soutien aux parents de Terri Schiavo qui luttent contre leur gendre pour empêcher l'euthanasie de leur fille. Le combat se soldera par une intervention dicutée et inefficace du Congrès américain et l'euthanasie de la jeune femme, dans le coma depuis 15 ans.

Quand Jeb Bush arrivera au terme de son mandat en 2007, il sera le second gouverneur de Floride à avoir réussi à exécuter 2 mandats consécutifs complets.

Star du parti républicain, certains espéraient qu'il prenne la succession de son frère en 2009. Il a cependant totalement exclu cette éventualité le 17 octobre 2004.

Il est plutôt pressenti pour concourir contre le sénateur démocrate de Floride Bill Nelson en 2006.

Jeb Bush a obtenu 80 % du vote cubain en 2002 et 56 % du vote non hispanique.

En décembre 2005, son taux d'approbation est de 58% parmi les résidents de Floride ce qui en fait le 24ème gouverneur le plus populaire du pays (Sondage SurveyUSA portant sur 600 résidents de chaque état réalisé du 9 au 11 décembre 2005. Marge d'erreur de 4%).